1、心内膜炎：肥厚性心肌病患者心内膜炎发生率约5%。HOCM患者应注意感染性疾病或手术、创伤等有并发心内膜炎的可能，应预防性应用抗生素。对已发生内膜炎者，应根据血培养的结果针对性地应用抗生素，必要时需要外科的介入。
2、 2、症状性房颤：应用药物是预防、治疗肥厚性心肌病并发房颤的主要手段。
3、 3、心性猝死：心性猝死是肥厚性心肌病最为严重的并发症，室性心动过速导致的心室颤动最为常见，严重的心动过缓也是不容忽视的因素。安置兼有起搏功能的体内除颤器（ICD）是防止、终止致命性心律失常导致猝死最为有效的手段。
4、怎样治疗肥厚性心肌病才好呢？ 中医认为：肥厚性心肌病，毒、瘀、虚是主要病因病机，三者相互促进，形成恶性循环，毒邪深伏，病势缠绵，病重难愈。我院专家临床抓住这一病机，坚持审因论治，根据不同发病时期及表现，采用益气养血，活血祛瘀，软坚散结，清热解毒等方法，共同组成了“化瘀宁心，益气活血”的中药验方——肥厚化瘀疗法。