1、口腔溃疡与免疫关系密切，有些患者的复发性口腔溃疡是一种免疫反应。个别患者会因为自身免疫缺陷而出现口腔溃疡的复发，而有些患者的正常免疫系统会受到多种因素的影响使其对自身的组织抗原产生免疫，最终导致组织破坏而发生口腔溃疡的反复发作。
3、消化系统功能发生紊乱和消化道疾病的发生也是患者反复出现口腔溃疡的原因之一，例如出现便秘、消化不良、腹泻、腹胀、十二指肠溃疡、结肠炎、胃溃疡、慢性或迁延性肝炎等症状都可能导致患者出现口腔溃疡的复发。
5、临床调查证明，复发性口腔溃疡还会受某些遗传因素的影响，如果父母单方或双方有复发性口腔溃疡患病史，其子女出现口腔溃疡复发的概率相对于其他人群会更高。