1、浸泡。首先打一盆清水，千万别放其他洗涤剂，清水就好了。将要清洗的金刚菩提子放到水盆里，有绳子的可以先不要拆掉，整串放进去，浸泡几个小时。
2、平刷。浸泡之后，将金刚菩提子捞出来。然后将绳子一头拴在固定物上，用手拽好另一头拉直，用钢丝刷垂直地平刷，不要来回用力刷，要一个方向的扫过去。
3、清洗。刷完后扔回水里搅一下，将刷下来的果肉洗掉。如果没刷干净就换盆水再泡一段时间，重复上面的步骤。注意，如果泡的时间非常长了，尽量用钢丝刷谨慎小心地刷，以防将珠子刷坏。
4、挑籽。訇咀喃谆将金刚子的果肉清理干净后，将绳子去掉，金刚子全放到水里，颜色较暗的留下，很黄的就可能是糠籽，可以扔了。（这个步骤也可以最开始来做，散的金刚子直接扔水里，沉下去的留着，浮起来的密度太差直接淘汰。）
5、擦干。将挑出的金刚菩提子放在干布上轻轻擦拭，吸干珠子上的水。
6、阴干。把初步清理好的金刚菩提子放到一个容器中阴干。如果要扩孔，可以在金刚子未完全干透前用小钻头扩孔。（注意：未干的金刚子不要吹风，远离热源，以防开裂。）
7、针剔。如果金刚子里还是有果肉夹塞，可以用针仔细剔出来，小心别刮伤金刚子表面。