批示和指示在含义方面、使用者方面、严重程度方面皆有区别。
首先，在两者的含义方面，“指示”指的是对某件事情做出指定的表示，比较婉转，可以是口头上的指示，也可以是书面上的指示。而“批示”的指的是批改表述，语气较严重，一般用于书面上较多。
其次，在使用者方面，“指示”可以用于长辈和较低级的领导级别，例如导师等。语气婉转，注重于对被指示者作出指导。而“批示”的语气较严厉，一般是较高级的领导阶层做出不可更改的命令时使用。
最后，在严重程度上，“指示”一词带有可以商量的意思，在执行某种政策时是一种大致的方向，是可以进行略微的修改的。而“批示”一词代表一种绝对的威严，不容改变的意思，有一种批评改正的意思，代表事件已经到了比较严重的程度。