果蝇属于小型蝇类，体长1.5到4毫米间。虫体以黄褐色者居多，也有些是黑色的。果蝇头部有一对呈鲜红色的复眼，两复眼内侧有三对眼缘刚毛，复眼间的后头中央微微隆起，形成一个单眼三角区，三个单眼的前下方生有一对单眼刚毛。
果蝇广泛地存在于全球温带及热带气候区，由于其主食为酵母菌，且腐烂的水果易滋生酵母菌，因此在人类的栖息地内如果园，菜市场等地区内皆可见其踪迹。除了南北极外，目前至少有1000个以上的果蝇物种被发现，大部分的物种以腐烂的水果或植物体为食，少部分则只取用真菌，树液或花粉为其食物。
果蝇只有四对染色体，数量少而且形状有明显差别，果蝇性状变异很多，比如眼睛的颜色、翅膀的形状等性状都有多种变异，这些特点对遗传学研究也有很大好处。