水熊虫的天敌有其他缓步动物、线虫、蜘蛛、螨类、弹尾目等。
水熊虫在干燥状态或环境恶化时，身体会缩成圆桶形自动脱水静静地忍耐蛰伏，这也是它们独特的隐生现象，此时会展现惊人的耐力。其生命力超强，能在冷冻、水煮、风干的状态下存活，甚至能在真空中或者放射性射线下存活。
水熊虫是生活在淡水、陆地及海水里的微型后生动物，分布在从北极到南极以及从喜马拉雅山坡地到海洋深处的不同生境里。绝大多数为陆生生物，有些为淡水生，极少数种类为海生。水熊虫大多都分布于苔藓和地衣中。在日本发现的新种水熊虫很奇特，奇特之处在于它的卵的顶部有意大利面条形状的扭动卷须。这些卷须有可能让水熊虫产下的卵能依附在地面上。