皮蛋的原理：利用蛋在碱性的溶液中，可以使蛋白质凝胶的特性变成富有弹性的固体。但是如果皮蛋的制作配方控制不良，那么就会使蛋白质在碱性溶液中发生水解，是蛋白质变性成为蛋白，就不能食用。如果蛋壳有裂痕或者配方控制不佳，那么也会让蛋内之硫化氢外溢，使之变成金黄色，而正常的皮蛋颜色应该是墨绿色并且有松花以及富有弹性。
皮蛋之所以具有特殊风味，那是因为经过强碱作用之后，原本具有的含硫胺基酸被分解产生硫化氢以及氢，再加上浸渍液中配料的气味，就会产生独特的味道。
而皮蛋的颜色则是因为蛋白质在强碱的作用之下，蛋白部分会呈现出红褐或者黑褐色，蛋黄的颜色则是墨绿色或者澄绿色。