固定效应模型和随机效应模型之间最大的不同就在于其基本假设，即个体不随时间改变的变量是否与所预测的或自变量相关。固定效应更适合研究样本之间的区别，而随机效应适合由样本来推断总体特征。
固定效应模型认为包含个体影响效果的变量是内生的，而与此相反随机效应模型是假设全部的包含个体随机影响的回归变量是外生的。
固定效应模型默认了那些不随时间变化而变化的自变量不会对因变量造成影响，因而不允许这类变量出现在模型之中；随机效应模型则认为表示某些个体特征的但不随时间变化而变化的自变量能够对因变量造成影响，允许这类变量引入到模型之中。