测量部位不同：耳温枪由于结构特点，更适用于测量耳道。而额温枪就可以用于测量额头、颈部以及手腕等身体表面任何部位。体温准确度不同：耳温枪与额温枪相比较，耳温枪的结果会更真实准确。由于鼓膜位于外耳道的最深处，不易受到外界温度的影响，更能比较准确的反映体内的真实体温。
额温枪和耳温枪相比，耳温枪会更好。因为额头的温度，容易受周围环境以及风速影响，比方风大，额头表面皮肤的温度会降低。如果吹空调，在低温空调的环境里，可能体温也会降低。但是耳温是比较恒定的，因为耳道相对是比较密闭的空间。温度是相对恒定的，所以医院里一般常用的温度计都是耳温计，或者是腋下的温度计。
当然，有些筛查的项目，可能会用额温枪，因为操作比较快，所以常规用于筛查项目，比方幼儿园的入园晨检，或者是在大型场所的体温监测，都是用额温枪。
额温枪的温度比腋温要偏低0.5-1℃，如果额温枪测量将近37℃左右的时候，需要用腋温计或者是耳温计，进行进一步测量，看看有没有体温升高的情况。